Inom bioinformatiken har alla maskiner, både servrar och arbetsstationer, standardiserats runt Debian. Detta är generellt på grund av den höga nivå av användarstöd som fås från Debian och den förenklade administration som Debians pakethanteringsystem tillhandahåller. I mindre, men även det viktig, grad även den omsorg och kvalitetskontroll som utvecklarna lägger ned i sina paket.